Postdoctorant-e en écologie microbienne aquatique (H/F)

💼 Offre d'emploi

Date de publication

01/10/2025

Dernière mise à jour

01/10/2025

Type de contrat

CDD - 30 Mois

Durée de travail

37H30/semaine Travail en journée (37H30/semaine Travail en journée)

Expérience

Débutant accepté

Salaire

INM 506 soit 2490€ brut mensuel

Permis demandé

Aucune information

📍 Entreprise

Compétences nécessaires

• Biologie
• Déterminer et développer les méthodes de recherche, de recueil et d'analyse de données
• Procéder à des tests, expérimentations

Formations nécessaires

• Bac+5 et plus ou équivalents
  Doctorat en ecologie microbienne
• Bac+5 et plus ou équivalents
  Doctorat bioinformatique

Description de l'offre

Profil complet sur le site de l'UCA : 2025095A

Poste à pourvoir en février 2026 au plus tôt

Le fonctionnement des environnements aquatiques est largement déterminé par le bactérioplancton, dont les activités façonnent les processus écosystémiques pertinents pour le cycle global des éléments, tels que le taux auquel le carbone est soit libéré dans l'atmosphère, soit incorporé dans la biomasse. La réponse des communautés microbiennes aux perturbations est déterminée par deux propriétés clés : la résistance, c'est-à-dire la capacité d'une communauté à rester inchangée face à une perturbation, et la résilience, c'est-à-dire la vitesse à laquelle une communauté retrouve son état d'avant perturbation. Les caractéristiques des membres individuels ainsi que la diversité globale de la communauté peuvent influencer la résistance et la résilience des communautés de bactérioplancton, affectant ainsi leur dynamique dans des environnements fluctuants. Bien qu'une forte proportion de membres résistants ou résilients soit associée à une plus grande stabilité à l'échelle de la communauté, le rôle de la diversité dans la promotion de la résistance et de la résilience est souvent attribué à la redondance fonctionnelle entre espèces, un phénomène connu sous le nom d'« effet d'assurance ». Selon cet effet, les pertes fonctionnelles causées par des espèces sensibles lors de perturbations environnementales peuvent être compensées par des taxons moins sensibles et fonctionnellement redondants, ce qui permet de maintenir la fonction globale de la communauté.


RESPONSABILITÉS ET OBJECTIFS DU POSTE :
Le/la candidat-e retenu-e rejoindra l'équipe LMGE MEB dans le cadre du projet GENMOD, sous la supervision du Dr Sara BEIER. Il/elle analysera des jeux de données de métatranscriptome provenant d'environnements aquatiques présentant différents niveaux d'eutrophisation, afin d'évaluer comment les activités transcriptionnelles de la communauté dans son ensemble répondent aux fluctuations environnementales.
Plus précisément, la recherche visera à déterminer si la stabilité transcriptionnelle découle :
- Les membres de la communauté ayant une haute tolérance et, par conséquent, une grande stabilité transcriptionnelle en réponse aux fluctuations environnementales, ou
- L'effet d'assurance, par le biais d'activités transcriptionnelles alternées de taxons fonctionnellement redondants au sein de la communauté, qui compensent les changements transcriptionnels des membres individuels de la communauté.
Le projet impliquera à la fois l'exploitation de jeux de données de métatranscriptome déjà existants et la contribution à la génération de nouveaux jeux de données. Le/la candidat-e se concentrera principalement sur l'analyse des données de métatranscriptome, mais participera également aux travaux de laboratoire et/ou de terrain nécessaires à la création des jeux de données.

COMPETENCES REQUISES :
- Doctorat en écologie microbienne, bioinformatique ou domaine connexe, obtenu au maximum 3 ans avant la date de début de contrat.
- Expérience en analyse de données de séquençage à haut débit et compétences en script associées.
- Maîtriser l'anglais (expression orale et écrite).
- Une expérience en travaux de terrain et/ou en expérimentations en laboratoire sera considérée comme un atout.

SPECIFICITES / CONTRAINTES DU POSTE :
- Un projet de recherche innovant à l'interface entre l'écologie microbienne et la modélisation environnementale
- Intégration dans d'autres projets de recherche en cours et complémentaires (par ex. ANR DIAMOND)
- Un réseau collaboratif d'experts locaux et internationaux en génomique et en écologie

POUR POSTULER :
Veuillez faire parvenir un CV avec une liste de publications et une lettre de motivation comprenant les coordonnées de deux références en anglais au plus tard le 12/11/2025 par mail